Pare che la città debba il suo nome al suo fondatore il re Ameroe che la battezzò Ameria.
Stando a quanto riportato da Catone il Censore, che la menziona nel suo "Pro Roscio" per la fertilità della sua terra, la prima comunità si stanziò in questa zona nel 1134 a.C. quindi molto prima della fondazione di Roma.
Divenuta una vera e propria città , Amelia si trovò ben presto a fare i conti con le più potenti popolazioni circostanti, primi tra tutti gli Etruschi.
Si deve proprio alla necessità di difendersi dall'invadenza dei suoi vicini la costruzione di varie opere di fortificazione tra le quali le Mura poligonali (IV - VI sec a.C.).
Divenuta distretto romano la città attraversò un periodo di grande benessere come testimoniano i resti delle Terme e delle cisterne.
Da menzionare il ritrovamento, avvenuto in zona nel 1963, della statua bronzea del condottiero romano Nerone Claudio Druso detto Germanico.
Dopo l'Editto di Costantino, Amelia divenne sede vescovile nel 363 d.C.
Ai tempi delle invasioni barbariche, assediata dai Goti di Totila nel 548 d.C., passò poi sotto il dominio Longobardo nel 579.
Divenuta Comune, fu saccheggiata nel 1240 d.C. dall'Imperatore Federico Barbarossa e fu teatro di aspri scontri tra Guelfi e Ghibellini. Conservò la sua autonomia finchè passò definitivamente nella sfera di interesse della chiesa.
La città ha dato i natali a vari personaggi storici importanti dell'epoca moderna tra i quali il vescovo Alessandro Geraldini, il quale, mentre era a servizio della corona spagnola, intercesse perchè Cristoforo Colombo ottenesse le tre caravelle che lo condussero alla scoperta del nuovo mondo.
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